Le Syndicat Mixte est administré par un Comité Syndical de 45 membres assurant la représentation des établissements de coopération intercommunale et des communes membres du Syndicat, selon les modalités suivantes : les EPCI détenant la compétence SCOT se voient attribuer trois voix et une voix par tranche complète de 4 500 habitants (population totale)
Lorsque la répartition des sièges entre les intercommunalités membres (effectuée selon les règles définies ci-dessus) donne à l’une d’entre elle la majorité absolue des sièges, le nombre de ses délégués est réduit pour être inférieur à la moitié du nombre total des membres du Comité Syndical. Le nombre de sièges se répartit de la façon suivante:
Communauté d’agglomération Perpignan Méditerranée: 23
Communauté de communes des Aspres : 8
Communauté de communes Sud Roussillon : 8
Communauté de communes Roussillon Conflent : 7